Принц решает навестить королевство своего старшего брата Малика, но находит его под осадой вражеской армии. Пытаясь избавиться от захватчиков, с помощью магического артефакта Малик выпускает на свободу таинственную армию песка. Однако, расправившись с мародерами, она превращает всех жителей города в статуи. Теперь только Принц в силах ее остановить. Для этого он должен раздобыть меч Соломона и свергнуть главу монстров, Ифрита, обратно в небытие.

Молодой Принц и не догадывался о том, что песочные часы и необычный кинжал, которые он забрал из дворца поверженного Магараджи, могут превратить их владельца в бессмертного бога и дать ему власть над самим временем! Обманутый хитрым Визирем, Принц освобождает древние Пески Времени. Древнее проклятие легло на всех его приближенных...

Battles of Prince of Persia вовсе не похож на тот беспощадный action, который принято вспоминать при словосочетании "Принц Персии". Используя уникальные возможности Nintendo DS, авторы Battles of Prince of Persia решили создать не столько жанрово связанный с основной трилогией продукт, сколько сюжетно дополняющий и расширяющий мир Prince of Persia.

История начинается с Принца, который оказался в опасности, и ищет убежище в пустынном королевстве. Оно оказалось затронуто Искажением, которое угрожает уничтожить все, к чему прикоснётся. Во время своих странствий Принц обнаруживает существо, которое было частично затронуто Искажением, Магуса. Вид этого темного героя кажется жизненно важным в защите королевства от грянувшей беды.